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Home Eurosurveillance Monthly Release  2002: Volume 7/ Issue 12 Article 4
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Eurosurveillance, Volume 7, Issue 12, 01 December 2002
Surveillance report
Accroître la valeur prédictive des prélèvements pharyngés dans la surveillance virologique de la grippe

Citation style for this article: Leitmeyer K, Buchholz U, Kramer M, Schweiger B. Accroître la valeur prédictive des prélèvements pharyngés dans la surveillance virologique de la grippe. Euro Surveill. 2002;7(12):pii=389. Available online: http://www.eurosurveillance.org/ViewArticle.aspx?ArticleId=389

K. Leitmeyer, U. Buchholz, M. Kramer, B. Schweiger
Institut Robert Koch, Berlin, Allemagne


Selon une étude nationale allemande, la surveillance virologique de la grippe peut être améliorée lorsque les médecins sentinelle n’effectuent des prélèvements pharyngés que sur les malades qui consultent tôt après le début de la maladie (dans les 48 heures), et lorsqu’ils suivent la stricte définition de cas du syndrome grippal. La PCR est recommandée pour détecter les virus grippaux.

Les pays de la région Europe ont entrepris la surveillance de la grippe en raison de son impact important sur la morbidité et la mortalité et de ses conséquences économiques chaque hiver. Le réseau de surveillance européenne de la grippe (European Influenza Surveillance Scheme, EISS) favorise l'échange d'informations sur l'activité grippale collectées par les systèmes nationaux de surveillance. D'autres pays sont sur le point de mettre en place des systèmes de surveillance de la grippe. Dans la plupart, la surveillance de la grippe comporte un volet clinique et un volet virologique. Ce dernier inclut l'identification des virus, de leur type et sous-type et leur caractérisation par des méthodes sérologiques (inhibition de l'hémagglutination) ou moléculaires (séquençage). Les laboratoires nationaux de référence procèdent généralement à l'identification des virus grippaux par isolement des virus, par la méthode ELISA (enzyme linked immunosorbent assay), par immunofluorescence (IF) ou par amplification génique après transcription inverse (RT–PCR). L'isolement du virus est toujours considéré comme le meilleur choix à l'échelle internationale.

La valeur prédictive positive (VPP) pour la grippe des échantillons prélevés chez les patients atteints d'infections des voies respiratoires est fondamentale pour pouvoir identifier la phase initiale d'une épidémie de grippe. La VPP d'une définition de cas plus une analyse de laboratoire dépend de la sensibilité de la définition de cas, de sa spécificité, et de la méthode d’analyse employée par le laboratoire, ainsi que de la prévalence de la maladie dans la population.

En vue de développer des recommandations pour la surveillance nationale de la grippe en Allemagne, nous avons comparé la PCR et l'isolement du virus au regard de leur capacité à identifier la grippe, et nous avons étudié d'autres facteurs que nous pensions pertinents pour augmenter l’obtention de tests positifs, comme l'intervalle entre l'apparition des premiers symptômes et le prélèvement des échantillons, ou le délai écoulé entre le prélèvement d'un échantillon et la réception de celui-ci au laboratoire.

Méthodes

Nous avons utilisé des données de la saison grippale 2000–01. Le Centre national de référence de la grippe (National Influenza Reference Centre, NIC) à Berlin, en Allemagne, membre actif de EISS pendant plusieurs années, a fourni les tubes pour les écouvillons et préparé le mailing destiné aux 105 médecins sentinelle. Le NIC leur a demandé de pratiquer trois à cinq prélèvements pharyngés par semaine chez des patients présentant une infection respiratoire aiguë (IRA), caractérisée par une fièvre élevée, une toux sèche, des maux de tête, une myalgie ou un malaise. Les médecins sentinelle ont renvoyé les prélèvements cliniques au NIC, qui les a tous analysés par isolement du virus et par PCR (1). Tous les tests de PCR comprenaient des contrôles positifs et négatifs.

Le laps de temps entre l'apparition des premiers symptômes et le prélèvement a été défini comme " intervalle 1 ", et le délai entre le prélèvement et la réception de l'échantillon au laboratoire comme " intervalle 2 ", et nous avons procédé aux calculs suivants :

• Comparaison de la proportion globale d’échantillons positifs pour la grippe par les méthodes d'isolement et de PCR ‰

• Relation entre la proportion d'échantillons positifs pour la grippe et l'intervalle 1, en comparant la PCR à la culture (données disponibles pour 1882 spécimens)

• Relation entre la proportion de prélèvements positifs en PCR et l’intervalle 2, stratifiée en fonction de l’intervalle 1 (données disponibles pour 1879 spécimens)

Résultats

Pendant la saison grippale 2000–01, le NIC a reçu 2592 prélèvements utilisables, parmi lesquels 642 (25%) ont donné des PCR positives, et 439 (17%) des cultures positives. Aucun isolement du virus n’a pu être obtenu pour 204 des 642 (32%) échantillons positifs en PCR, alors que sur les 439 échantillons positifs en culture, la PCR n’a pu détecter une séquence virale que dans un seul cas (0,02%).

Sur les 1945 prélèvements pour lesquels la date d'apparition de la maladie et la date du prélèvement étaient disponibles, 1430 (74%) ont été prélevés dans les 48 heures suivant le début de la maladie. Nous avons constaté que plus cet intervalle 1 augmentait, plus la proportion de prélèvements positifs pour la PCR et celle d’échantillons positifs en culture virale diminuaient de façon nette (chi2 pour une relation linéaire = 42 et 39, p< 0,001 dans les deux cas). Lorsque l'échantillon était collecté dans les 48 heures suivant l'apparition de la maladie, la proportion de prélèvements positifs en PCR se situait entre 23 et 40% (figure 1). Il est intéressant de noter que pour un délai de 0 à 6 jours entre l’apparition des symptômes et la réalisation du prélèvement, l'utilisation de la PCR a permis d'avoir davantage de résultats positifs (plus 8 à 16%) que l'isolement par culture virale.

Nous n’avons pas pu mettre en évidence de relation linéaire entre la proportion de prélèvements positifs en PCR et l'intervalle 2, en stratifiant en fonction de l'intervalle 1 (chi2 pour une relation linéaire compris entre 0 et 4, p ≥ 0,04; figure 2). Les résultats des cultures virales ont donné des résultats similaires.

Discussion

Nous avons concentré cette étude sur le rôle des paramètres modifiables susceptibles d'influencer la VPP des prélèvements provenant de patients atteints de syndromes grippaux. L’obtention de prélèvements positifs peut être tout d’abord améliorée lorsqu’ils sont effectués tôt (entre 24 et 48 heures) après l'apparition de la maladie, quelle que soit la méthode d’analyse utilisée. Ceci correspond au mode de dissémination du virus grippal. La réplication virale atteint un pic environ 48 heures après l’infection, puis décline lentement après six à huit jours (2, 3). Le nombre de tests positifs est significativement plus élevé lorsque la détection des virus grippaux est faite par PCR. Ceci a été démontré lors de la saison 2000–01 avec 25% de prélèvements positifs en PCR, contre 17 % seulement en culture. Des résultats similaires ont été obtenus lors des saisons précédentes (1,4). De plus, les résultats des analyses par PCR sont généralement disponibles le jour même, alors que l'isolement du virus nécessite en moyenne une semaine environ (4).

D’autre part, la spécificité pour les syndromes grippaux est supérieure à celle pour les infections respiratoires aiguës (IRA), et de ce fait, elle est utilisée dans la plupart des pays pour obtenir des échantillons pour les tests de grippe (5,6). La spécificité des amorces/sondes utilisées pour notre PCR TaqMan® pour l'amplification et la détection des génomes de virus grippaux est très élevée (100%), comme l’a montré l'étude sur un certain nombre de souches grippales de référence et sur les échantillons cliniques (1). De même, on considère que la spécificité des techniques de culture virale était bien supérieure à 95%.

Les valeurs prédictives positives sont influencées par de légères augmentations de la prévalence ou de l'incidence d'une maladie, d'un niveau très bas à un niveau bas ou modéré. C'est le cas au début d'une épidémie de grippe, comme cela a été observé pendant la saison grippale 2000–01 (7). De ce fait, la proportion des patients présentant un syndrome grippal et dont le prélèvement pharyngé est positif pour la grippe, peut être considérée comme un indicateur sensible permettant de détecter le début d'une activité grippale importante en début de saison.

Nous avons pu montrer que la proportion de prélèvements positifs en PCR variait très peu en fonction du délai d’envoi de ces échantillons par les médecins sentinelle au laboratoire. Ceci est en faveur des procédures pratiquées par la plupart des systèmes de surveillance, qui ont recours au courrier normal pour l'envoi de prélèvements non réfrigérés.

La méthode d'isolement du virus, bien qu'elle prenne du temps, est encore considérée mondialement comme la référence absolue pour détecter des virus grippaux, car les tests plus rapides, tels que l’ELISA ou l’immunofluorescence ont une sensibilité et une spécificité réduites. La PCR est très spécifique, il s’agit de la technique la plus sensible pour le typage et le sous-typage des virus grippaux qui ait été décrite. Notre rapport confirme que la PCR est notablement plus sensible que l'isolement du virus, ce qui coincide avec les études antérieures comparant la culture virale à la PCR sur plusieurs années (1,4,8). Cette différence peut s'expliquer par le fait que pour une PCR, une concentration très faible de virus est suffisante, et qu'il n'est pas nécessaire qu'ils puissent se reproduire. L'utilité de cette technique pour la surveillance virologique en routine est démontrée à présent. L'isolement des virus continuera d'être indispensable pour une caractérisation exhaustive des virus grippaux en circulation.

En conclusion, pour optimiser la détection rapide d’un début d'épidémie de grippe par la surveillance virologique, nous recommandons aux médecins sentinelle de ne pratiquer de prélèvement que chez les patients qui consultent peu de temps après l'apparition de la maladie (c'est-à-dire dans les 48 heures), de suivre la définition de cas clinique d'un syndrome grippal au sens strict, et d'utiliser la PCR pour la première détection des virus de grippe.
 


Références

1. Schweiger B, Zadow I, Heckler R, Timm H, Pauli G. Application of a fluorogenic PCR assay for typing and subtyping of influenza viruses in respiratory samples. J Clin Microbiol 2000; 38: 1552-8. (http://jcm.asm.org/cgi/reprint/38/4/1552.pdf)

2. Murphy BR, Chalhub EG, Nusinoff SR, Kasel J, Channock RM. Temperature-sensitive mutants of influenza viruses. 3. Further characterization of the ts-1(E)] influenza A recombinant (H3N2) virus in man. J Infect Dis 1973; 128: 479-87.

3. Frank AL, Taber LH, Wells CR, Wells JM, Glezen WP, Paredes A. Patterns of shedding of myxoviruses and paramyxoviruses in children. J Infect Dis 1981; 144: 433-41.

4. Schweiger B, Timm H. Die TaqMan-PCR: Schnelle Typisierung und Subtypisierung von Influenzaviren direkt aus Patientenmaterial. [A TaqMan-PCR for rapid typing and subtyping influenza viruses in clinical specimens.] Bundesgesundheitsbl. –Gesundheitsforsch. Gesundheitsschutz 2000; 43: 788-95. [in German, English abstract available from http://yellow-fever.rki.de/FORSCH/PUBLIST/2000/00S17.HTM]

5. Webpage of the European Influenza Surveillance Scheme (EISS). Available at: http://eiss.org/html/introduction.html, accessed on November 14, 2001.

6. Aguilera JF, Paget WJ, van der Velden J, Watson JM. Heterogeneous case definitions used for the surveillance of influenza in Europe. Poster presentation, 6th EPIET Scientific Seminar; October 2001; Veyrier du Lac, France.

7. Uphoff H, Heckler R, Schweiger B. Ergebnisse der Influenzasurveillance im Winter 2000/01. [Results of the Influenza Surveillance Program for the 2000-2001 Influenza Season]. Bundesgesundheitsbl. - Gesundheitsforsch. - Gesundheitsschutz 2001, 44: 1169-73. [in German, English abstract available from http://www.rki.de/FORSCH/PUBLIST/2001/01U1.HTM]

8. Ellis JS, Fleming DM, Zambon MC. Multiplex reverse transcription-PCR for surveillance of influenza A and B viruses in England and Wales in 1995 and 1996. J Clin Microbiol 1997; 35: 2076-82.

 



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